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中國藥科大學自2011年開始招收專業(yè)學位碩士研究生，截止2021年12月，學校擁有5個專業(yè)學位碩士點，1個專業(yè)學位博士點。同時，學校為全國藥學專業(yè)學位研究生教育指導委員會秘書處掛靠單位。

經(jīng)過多年的基地建設，截止2022年3月，中國藥科大學擁有75家專業(yè)學位研究生實踐基地，其中校級基地20家，院級基地55家，遍布上海、重慶、杭州、蘇州等一線城市。南京圣和藥業(yè)股份有限公司、中國食品藥品檢定研究院、天津天士力控股有限公司、南京鼓樓醫(yī)院、美國奧斯達藥業(yè)等基地被評為全國專業(yè)學位培養(yǎng)示范基地。

基地培養(yǎng)學生的學制為3年，其培養(yǎng)模式為“0.5+2.5”，即學生在學校開展半年的理論課學習，隨后赴基地開展兩年半的專業(yè)實踐，開展項目研究。

在學生培養(yǎng)方面，實行雙導師制（校內(nèi)、校外導師共同指導），推行勝任崗位挑戰(zhàn)的“項目貫通”式培養(yǎng)模式，依托基地發(fā)布的新藥研發(fā)與評價、藥物質(zhì)量控制、藥物臨床使用、藥品注冊與監(jiān)管等方向的行業(yè)一線項目，實施項目貫通聯(lián)合培養(yǎng)，將項目管理和學生培養(yǎng)環(huán)節(jié)有機融合。在基地培養(yǎng)的專業(yè)學位碩士研究生將在攻讀碩士學位階段接觸并承擔藥學行業(yè)一線研究工作。

在制度建設方面，基地針對學校研究生管理相關要求，制定了較為完善的規(guī)章管理制度，包括《聯(lián)合培養(yǎng)研究生管理暫行辦法》《研究生學位論文開題報告暫行規(guī)定》《聯(lián)合培養(yǎng)研究生中期考核實施暫行規(guī)定》《聯(lián)合培養(yǎng)研究生攻讀學位期間發(fā)表論文的規(guī)定》《研發(fā)中心培訓管理規(guī)程》《研發(fā)中心分級人才培養(yǎng)方案》等，保障學生在基地實踐過程中的培養(yǎng)質(zhì)量。

在科研條件方面，提供豐富的學習條件與科研資源（包括各種科研數(shù)據(jù)庫、儀器設備等），同時提供完成科研任務所需的經(jīng)費支持，并安排研究生參與科技重大專項等國家級和省級重點科研項目，享受規(guī)定的有關權益并享有獲得有關榮譽稱號和獎勵的評選權利。

在生活保障方面，聯(lián)合培養(yǎng)研究生除享受國家和學校規(guī)定的生活補助等待遇外，基地還為研究生提供一定金額的生活補助并提供免費住宿等。為了提升聯(lián)培生德智體全面發(fā)展，基地也為學生組織了多種戶外素質(zhì)拓展活動及文化娛樂活動。

2022年度中國藥科大學招生基地