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醫藥工業是一個技術密集型“常盛、常青”的朝陽產業，國際和國內的制藥企業及單一藥品的生產量均在不斷增加，作為新興交叉整合學科的制藥工程專業，近幾年得到了很大發展，這方面的人才需求量日益擴大。根據社會需求，結合我系具體的師資、實驗、實習及其他教學條件，以省級植物化學重點實驗室為依托，經過反復調研、論證，于2002年申報了“制藥工程”專業，并獲批準，2003年開始招生。該專業的三個方向分別為：化學制藥；中藥制藥；藥物質量檢測與分析。

制藥工程專業的主要課程有：有機化學、物理化學、化工原理、生物化學、藥物化學、藥劑學、藥物分析、制藥工藝學、藥廠設備及車間工藝設計等。該專業以以藥學和化學工程為基礎，以中藥制藥為特色，依托太白山豐富的中藥資源，開展多方位的教學與研究工作。本專業面向研究所、設計院、大中型企業等單位，培養具備中藥制藥和化學制藥等方面的基本知識和實驗技能，能在醫藥、精細化工和生物化工等部門從事醫藥產品的生產、開發，工程設計，質量控制與分析，應用研究和經營管理等方面的高級工程技術人才。

制藥工程專業現有專業教師12名，其中教授2人，副教授3人，博士3名，碩士4名，形成了一支由教授、博士、碩士組成的學科梯隊，教研室現任主任為趙立芳教授。

制藥工程專業已投資近300萬元建成了制藥工程專業實驗室，實驗室用房面積約980平方米，下設生物化學基礎實驗室、藥物化學實驗室、藥物合成實驗室、生化與藥理實驗室、藥物制劑實驗室、制劑分析實驗室、專業綜合與開放實驗室等7個實驗分室和1個藥用植物標本室，良好的實驗條件有效的保證了實驗教學的順利進行。建立了寶雞辰濟藥業有限公司、西安吉世藥業有限公司、成都維奧藥業公司、楊凌濟康制藥、寶雞金雁公司等多個實習基地。

由于本專業高度重視教學工作，強調瞄準前沿抓基礎，堅持以育人為根本，提倡學生的個性發展，在03、04級畢業生83人中有12名同學考上了研究生，他們分別就讀于山東大學、華南理工、中國藥科大學、山西醫科大學、溫州醫學院、黑龍江醫科大學、陜西中醫學院等院校。

畢業生的主要流向：院校、研究所、企業（化工廠、藥廠）、藥品營銷等，03、04級畢業生就業率達100%。