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自動控制系承擔我校自動化專業本科生、控制科學與工程一級學科碩士和博士研究生培養任務，以及學校相關專業自動控制理論、計算機接口及應用技術的教學和教學實驗任務。

自動控制系下設控制理論與控制工程、模式識別與智能系統、導航制導與控制、生物信息技術四個教研室。依托控制科學與工程的綜合學科優勢，在人才培養和科學研究上取得了突出成績。近年來，獲得了國家級優秀教學成果二等獎1項；承擔學校的機器人創新實踐基地建設，為學生創新實踐提供了條件，學生們多次參加“挑戰杯”課外制作、機器人電視大賽、機器人足球比賽等均取得了優秀成績；研制出了國內首臺仿人機器人、車用激光陀螺捷聯組合導航定位系統等。承擔了多項國家自然科學基金、國家高技術發展計劃（863）項目研究工作；在控制系統集成、微小型機器人及其協同控制、組合導航與定位、腦-機接口與認知、生物信息處理、圖像處理與模式識別等方向，有豐富的成果積累和較強的技術優勢。