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生態學學科于2000年（第八批）獲得碩士學位授予權。該學科原于1982年創建于吉林農業大學的“野生植物資源開發與利用”本科專業。目前主要研究方向有：植物生態學、菌物生態學、土壤生態學和旅游生態學。

該學科以研究野生資源植物種群更新機理及其資源可持續利用、生態因子對資源植物質量形成的影響機制與調控、瀕危野生資源植物保護管理與生態恢復等為特色。另外，生態學學科與菌物學學科交叉形成了菌物生態學研究方向，主要研究菌物區系生態、菌物多樣性和作物病原菌生態；與土壤學學科交叉形成了土壤生態學方向，主要研究黑土退化生態機理、鹽堿土生態改良和農田生態系統過程；與旅游學學科交叉形成了旅游生態學方向，主要研究生態旅游資源及其評價、生態旅游景區的規劃設計。

目前，學科有教師18人，其中，教授6人，副教授5人，講師4人，助教3人，分別占33%、28%、22%和17%；跨學科教師5人，占28%；教師中具有碩士以上學歷的占94%，其中博士學歷8人，碩士學歷9人，本科1人；有碩士生導師10人，其中4人分別在藥用植物學、植物病理學、菌類作物學和土壤學學科擔任博士研究生導師。2002年以來，已培養碩士研究生21名，考取博士研究生8名，目前在校碩士研究生39名。

近年來，學科先后承擔“973”國家重點基礎研究項目課題，國家“十一五”支撐計劃項目，國家科技攻關計劃項目、國家自然科學基金重大、重點和一般項目，農業部科技攻關項目，吉林省科技發展重大、重點和一般項目，國家重點實驗室開放基金項目等30余項，獲吉林省科技進步一等獎3項、二等獎3項、三等獎2項，國家教育部科技進步二等獎1項，國家農業部科技成果一等獎1項，其它成果獎3項。

學科設有“省部共建國家重點實驗室培養基地——吉林省生態恢復與生態系統管理重點實驗室”，下設植物生理與分子生態實驗室、植物資源與化學生態實驗室、菌物生態與生物多樣性實驗室、農田與土壤生態實驗室和生態環境綜合測試分析實驗室。該實驗室擁有較先進的儀器設備，主要有高效液相色譜、氣象色譜、低壓液相色譜、逆流色譜、原子吸收、元素分析儀、紅外光譜、Bilog自動微生物鑒定系統、微波消解與提取系統、全自動數碼凝膠圖像分析系統、微顆粒測定儀、Buchi熔點測定儀、氧彈式熱量測定儀、凱氏定氮儀、纖維素測定儀、脂肪測定儀、液相氧電極儀、PCR儀、LCi便攜式光合儀、TPS-1光合作用測定儀、土壤剖面水分速測儀 、莖流儀、植物水勢儀、動態氣孔儀、葉綠素熒光儀、葉面積儀，以及各種便攜式生態環境因子測定儀器等。