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基礎數學學科是江蘇省“九五”、“十五”重點學科，本專業1986年獲得碩士學位授權，1998年獲得博士學位授權。基礎數學專業具有雄厚的師資力量，有博士生導師6人，碩士生導師8人， 主要研究方向有數論與代數，微分方程與動力系統，幾何與拓撲，分析學等。該學科梯隊于2002年被評為江蘇省優秀學科梯隊。陳永高教授入選“333人才工程”第二層次培養對象，05年被評為優秀博士后；有一人是省優秀中青年骨干教師，兩人是校新世紀中青年學科帶頭人。01年以來承擔縱向項目55項；總經費326萬，其中國家自然科學基金20余項。承擔國家項目數和科研經費數在全國同類高校基礎數學學科中名列前茅。該學科已招收6屆博士生，22屆碩士生，12名博士后，人才培養質量高、數量多，受到用人單位普遍好評，畢業生供不應求，具有豐富的研究生培養經驗，教育教學

主要專業課程有：現代分析，微分流形，代數學基礎，拓撲學基礎，交換代數基礎，現代數論基礎，解析數論，代數數論，環與代數，一般拓撲學，連續格理論，概率度量空間理論，黎曼幾何初步，李群，模糊分析學基礎，拓撲動力系統，遍歷理論，常微分方程定性理論，范疇論，分形幾何等。