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該專業自80年代初開始招收碩士生，現有泛函分析、代數學、組合學和常微分方程這四個研究方向。共有指導教師9人，其中教授7人，副教授2人。這是一支以年輕人為主體的有朝氣的研究隊伍，總體研究力量強，部分導師在國內外具有較高的學術聲譽。最近幾年，在各類SCI/SCIE雜志上發表學術論文100多篇，承擔了教育部、國家自然科學基金、上海市科委和教委等項目許多項。

泛函分析方向：主要研究無限維空間中的算子族不動點及其漸近行為，無限維變分不等式與向量最優化；Toeplitz算子代數，算子廣義逆；半線性和擬線性橢圓方程的解，傳染病模型，奇異非線性微分方程解的存在性，解的確切個數；脈沖微分方程整體解的存在性，極值解的存在性，及單調迭代解，微分-積分方程解的存在性等。主持國家自然科學基金項目3項，參加國家自然科學基金項目2項；主持教育部高等學校優秀青年教師教學與科研獎勵基金項目1項，以及博士點專項基金項目1項；主持上海市科委“曙光”基金項目和自然科學基金項目各1項；主持上海市教委項目多項。最近幾年，在各類SCI/SCIE雜志上發表文章60多篇。

代數學方向：主要研究交換代數和超代數上映射理論的研究。在交換代數方面，主要用同調方法研究交換代數的一些重要問題，所得的研究成果發表在J. Algebra, Trans. AMS 等重要雜志上，在研的科研項目有國家自然科學基金和上海市教委創新項目等。在超代數上映射理論的研究方面，主要用代數學方法研究結合環上的導子、自同構及其相關映射。近幾年，通過追蹤國際前沿，開展了環上函數恒等式這一新興領域的研究。主要結果已發表在Communication in Algebra，Algebra Colloquium，Quarterly Journal of Mathematics，Math of Japanica，India Pure and Appl. Math，J of Taiwanese Math.，Acta Mathematica Sinica等雜志上。

組合學方向：主要研究有限集及有限偏序集上的組合學、字上的組合等，已在各類SCI/SCI雜志上發表文章60多篇，其中主要結果發表在Ann. Combin.，J. Combin. Theory A, SIAM J. Disc. Math., Euro. J. Combin., Adv. Appl. Math.等本領域重要的國際雜志上。三次參加國家自然科學基金重點項目；作為負責人完成國家自然科學基金面上項目、兩個基地項目等三項，省部級項目4項。近幾年還研究組合數學在生物信息學中的應用，在J. Chem. Inf. Comp., J. Theor. Bio. Math. Bio.等雜志上發表論文20余篇，并被引用上百次。

常微分方程方向：主要研究領域是微分方程定性理論、動力系統分支理論、常微分方程與時滯微分方程的周期解及奇攝動系統幾何方法。在極限環的存在性及其個數、Hopf分一般理論與方法。主要研究論文發表在《J.Diff. Equs》、《Intern. J. Bifurcations and Chaos》、《Disc. Cont. Dynamical Systems》、《Sciences in China》等重要刊物上。作為負責人主持完成了5項國家自然科學基金項目，曾主持上海市曙光計劃項目、上海市曙光跟蹤項目、上海市優秀學科帶頭人計劃項目，并入選2004年度教育部新世紀優秀人才培養計技進步獎一等獎和2006年度上海市自然科學獎二等獎。2007年獲得上海市教育才獎。

最近幾年，該專業每年招收碩士研究生約10名。碩士研究生畢業后主要從事：直接攻讀博士學位或考取外校攻讀博士學位；應聘到普通高校或中學從事教師工作。
該碩士點指導教師有：曾六川、許慶祥、徐本龍、孫彥、周才軍、王宇、王軍、唐明元、韓茂安。該碩士點目前的負責人為許慶祥。