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生態學是華東師范大學一個傳統優勢學科。本學科的碩士點和博士點分別建于1979年和1985年，是國內首批擁有生態學博士、碩士學位授予權的學科點。華東師范大學的生態學科是國家重點學科和上海市重點學科，并已順利進入國家高等學校"十五"建設（21二期工程）。學科設有動物生態學、分子生態學、保護生物學、濕地生態學、行為生態學、野生動物管理與保護、植物生態學、景觀生態學以及資源生態學等研究方向。其中：保護生物學，選擇國家重點保護的野生瀕危動物作為主要的研究對象，通過對其分子生態學、種群生態學、繁殖生物學和行為生態學的研究，在瀕危動物保護與野生種群的恢復以及社會經濟建設方面取得了重要成果，出版了國內第一部《動物生態學》和《野生動物保護原理及管理技術》、《中國的鹿類動物》、《瀕危藥用野生動植物的保護》等著作，建立了華東地區唯一的野生動植物進出口鑒定機構，在國內外具有一定影響。廣泛開展國際合作，自1988年以來，和美國史密森研究院合作舉辦了十次野生動物保護與管理的國際培訓班，建立了國際保護生物學中心、上海野生動植物檢定中心，常年獲得國際上主要自然保護組織和基金會的資助，并開展課題合作。景觀生態學，針對我國一些生態關鍵區出現的經濟發展與環境保護之間的尖銳矛盾，從景觀尺度上，利用地理信息系統（GIS）和遙感（RS）等技術和手段，通過將地理學家的空間概念和生態學家的功能理念緊密結合在一起，分析和模擬區域土地覆蓋和土地利用特征，提出區域的可持續發展模式。隨著越來越多大尺度環境問題的出現，以及社會經濟發展的需求，景觀生態學已走到生態學科和土地管理的最前沿，而且目前依然在快速發展。

生態學科梯隊合理，擁有一支很強的師資力量。本學科現有教師6人，其中教授及博士生導師3人，副教授2人，講師1人。骨干研究隊伍由多名歸國博士和國內培養的博士和博士后組成，其中，3人擔任國際學會的理事或委員、3人擔任我國一級學會常務理事、理事或專業委員會委員，1人是教育部學科教學指導委員會成員；5人次獲得教育部優秀青年教師、骨干教師，上海市"科技啟明星"和"曙光學者"等稱號。

目前所承擔的重大項目有：華東地區揚子鱷野外種群的恢復和重建；東北虎的跨國界保護研究；保護區內人與野生動物可持續發展的經濟示范模式；西藏瀕危物種的保護生物學和保護區的研究；沙漠綜合治理和治沙植被的可持續利用研究等等。此外，學科正積極參與上海市崇明島全國重要濕地恢復樣板示范區建設工程