上海交通大學是國內最早創辦生物醫學工程專業的大學之一，1997年生命學院成立，生物醫學工程系成為其中的一個系。2011年4月8日在Med-X研究院和原生物醫學工程系基礎上成立了生物醫學工程學院，旨在對接國家重大需求及臨床醫學發展需要，重點建設生物醫學儀器、神經科學與工程、醫學影像信息、生物納米材料4個學科領域。現有教職工56名，教授16名，副教授20人。其中包括中國工程院院士1名、國家****學者1名、長江學者1名、國家杰出青年基金獲得者1名、973計劃首席科學家1名、講席教授2名，特聘教授2名，學科帶頭人3名。

一、培養目標

依托交大強大且基礎雄厚的工科和醫學背景，著力培養在生物、醫學、工程技術領域中具有開展交叉研究能力的有創新精神的，能應用物理、材料、化學、信息、工程等領域的技術解決生命科學和醫學中的問題的，具備扎實專業知識和理論基礎、創新性學術思維、較強學術表達和國際交流能力，了解學科發展動態和國際學術研究前沿，能開展有較高學術意義或實用價值科研工作的創新型人才。

二、主要研究方向

生物醫學儀器、神經科學與工程、醫學影像信息、生物納米材料

三、學制和學分

學術型碩士研究生學制為二年半；總學分≥30，其中學位課學分≥19，碩士生的課程學習原則上要求在第一年內完成。
　
四、中期考核

碩士生中期考核一般應在第三學期開學后一個月內完成。碩士生中期考核的應達到的基本要求：學習態度端正，完成培養計劃中規定的全部課程學習并成績合格，完成的課程總學分和學位課程學分應該達到或超過學校的最低培養要求，學位課程的平均級點不低于2.00，學位論文進展順利。

五、開題報告

碩士生學位論文開題工作應該在通過中期考核后，第三學期結束前完成。由學科組負責人或導師召集3～5名相關學科專家對開題報告進行論證，通過后才能正式進入論文階段。具體按照《上海交通大學關于攻讀碩士學位研究生培養工作的規定》執行。

六、學位論文

學位論文要求實驗設計合理，技術路線清晰，數據準確可信，文字流暢，書寫規范，討論深入，內容有一定的創新性，達到在核心期刊上發表的水平。在第四學期中期由學院學位委員會和導師組成檢查組對學位論文進行的情況作一次中期檢查，對于不合格的碩士生給出警告，并要求提交本人整改報告。碩士學位論文撰寫格式參照《上海交通大學博士、碩士學位論文撰寫要求》具體規定，學位論文答辯與學位申請按照《上海交通大學關于申請授予碩士學位的規定》執行。

七、發表論文

凡申請生物醫學工程碩士學位的研究生，需在公開出版或發行的學術刊物上以第一作者發表（或錄用）與學位論文相關的研究論文至少1篇,同時滿足生物醫學工程學院的補充規定。