本學(xué)科屬于工科類，1998年獲得碩士學(xué)位授予權(quán)。現(xiàn)有教授9人、副教授與高級工程師有7人。主要研究領(lǐng)域有微生物菌種選育、微生物發(fā)酵工藝、動植物細(xì)胞培養(yǎng)、生物物質(zhì)的分離純化、酶技術(shù)的應(yīng)用、環(huán)境生物技術(shù)、海洋生物技術(shù)、生物制藥、微生物農(nóng)藥、食品添加劑及保健品的研制等。先后承擔(dān)了國家"863"計劃、科技攻關(guān)、國家自然基金等多項重大科研項目，在微生物農(nóng)藥與功能基因、環(huán)境生態(tài)工程、生物活性物質(zhì)的分離純化、營養(yǎng)保健品的研制中取得了重要成果，獲國家和上海市科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎多項。本學(xué)科擁有生物分離技術(shù)、海洋生物技術(shù)、功能食品、微生物資源與代謝工程、酶與蛋白質(zhì)工程等實驗室及生物技術(shù)研究生開放式實驗中心，具有不同規(guī)格的發(fā)酵罐、毛細(xì)管電泳儀、高壓液相色譜、紫外分析、低溫層析系統(tǒng)、PCR儀、凝膠成像分析、氣相色譜、TOC分析儀、動態(tài)生物超濾系統(tǒng)等先進(jìn)設(shè)備，為研究生培養(yǎng)提供了良好的實驗條件。

一、培養(yǎng)目標(biāo)

培養(yǎng)具有較為全面的生物工程的基礎(chǔ)理論和實驗技術(shù)，熟悉生物工程的研究現(xiàn)狀和發(fā)展趨勢，掌握一門外國語，具有較熟練的閱讀能力，一定的寫、譯能力和基本的聽、說能力，能獨立從事本專業(yè)的科學(xué)研究、教學(xué)、產(chǎn)品開發(fā)和管理工作的高層次專業(yè)技術(shù)人才。

二、學(xué)制和學(xué)分

學(xué)術(shù)型碩士研究生學(xué)制為二年半；總學(xué)分≥30，其中學(xué)位課學(xué)分≥19，碩士生的課程學(xué)習(xí)原則上要求在第一年內(nèi)完成。

三、中期考核

碩士生中期考核一般應(yīng)在第三學(xué)期開學(xué)后一個月內(nèi)完成。碩士生中期考核的應(yīng)達(dá)到的基本要求：學(xué)習(xí)態(tài)度端正，完成培養(yǎng)計劃中規(guī)定的全部課程學(xué)習(xí)并成績合格，完成的課程總學(xué)分和學(xué)位課程學(xué)分應(yīng)該達(dá)到或超過學(xué)校的最低培養(yǎng)要求，學(xué)位課程的平均級點不低于2.00，學(xué)位論文進(jìn)展順利。

四、開題報告

碩士生學(xué)位論文開題工作應(yīng)該在通過中期考核后，第三學(xué)期結(jié)束前完成。具體按照《上海交通大學(xué)關(guān)于攻讀碩士學(xué)位研究生培養(yǎng)工作的規(guī)定》執(zhí)行。

五、學(xué)位論文
　
1、規(guī)范性要求碩士學(xué)位論文撰寫格式按照《上海交通大學(xué)博碩士學(xué)位論文撰寫要求》，學(xué)位論文答辯與學(xué)位申請按照《上海交通大學(xué)關(guān)于申請授予碩士學(xué)位的規(guī)定》執(zhí)行。碩士學(xué)位論文要選擇有應(yīng)用價值的課題，對所研究的課題有新的見解或新的成果，對本學(xué)科發(fā)展或經(jīng)濟建設(shè)、社會進(jìn)步有一定意義，并能表明作者在本門學(xué)科上掌握了堅實的基礎(chǔ)理論和系統(tǒng)的專門知識，具有從事科學(xué)工作或獨立擔(dān)負(fù)專門技術(shù)工作的能力。在論文題目確定后，用于論文工作的時間一般不應(yīng)少于一年半。碩士學(xué)位論文一般要求正文不少于4萬字。 2、質(zhì)量要求學(xué)位論文要求實驗設(shè)計合理，技術(shù)路線清晰，數(shù)據(jù)準(zhǔn)確可信，文字流暢，書寫規(guī)范，討論深入，內(nèi)容有一定的創(chuàng)新性，達(dá)到在核心期刊以上發(fā)表的水平。在第四學(xué)期中期由學(xué)院學(xué)位委員會和導(dǎo)師組成檢查組對學(xué)位論文進(jìn)行的情況作一次中期檢查。

六、發(fā)表論文

攻讀工學(xué)碩士學(xué)位的研究生，在申請學(xué)位論文前，需以第一作者發(fā)表（或錄用）不低于核心期刊水平的論文一篇，鼓勵發(fā)表SCI、SCIE、EI、ISTP收錄的研究論文。由其導(dǎo)師同意并確認(rèn)。