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同濟大學醫學院歷史源遠而流長。1907年成立的“德文醫學堂”是同濟醫學專業的開端，也是同濟大學的雛形。歷經百年滄桑，在新世紀之初，醫學重新扎根于同濟大學，成為重點建設的學科，走上復興之路。

醫學院由醫院管理處、基礎醫學院、生物醫學工程與納米科學研究院、護理系、康復治療學系等院系組成。現有附屬第十人民醫院、附屬同濟醫院、附屬東方醫院、附屬肺科醫院、附屬第一婦嬰保健院和附屬楊浦醫院共6家附屬醫院，總床位數6700余張。擁有1個國家教育部重點實驗室（心臟疾病基礎研究方向），8個國家臨床重點專科（胸外科、消化內科、產科、職業病科、呼吸科、中醫科、急診醫學和臨床護理專業），以及一批上海市重點學（專）科和臨床醫學中心。此外同濟大學附屬養志康復醫院（籌）已納入同濟大學康復人才培養基地。

醫學院現有臨床醫學一級學科博士點,臨床醫學博士專業學位授權單位,建有博士后流動站2個。擁有基礎醫學、臨床醫學、生物醫學工程、公共衛生與預防醫學、中醫學、藥學6個一級學科碩士點，工程專業學位制藥工程領域碩士授權點和護理學碩士專業學位授權點。主要承擔臨床醫學專業五年制、八年制、MBBS國際留學生和研究生培養。醫學院走精品發展之路，每年招收臨床醫學本科生150名（包括五年制、貫通培養）、康復治療學本科生60名、MBBS國際留學生班50名以及碩士和博士研究生約400名。

醫學院及附屬醫院現有教師系列高級職稱的在職人員共358名，博士生導師205名。擁有中科院院士1人、國家“****”入選者5人、國家“973”計劃（含重大科學研究計劃）項目首席科學家5人、一個國家創新研究群體，以及多名長江學者和國家杰出青年基金獲得者。建有以課題組長（PI）為核心的新型學術管理體制，引進和培養了一大批優秀人才，聚焦“干細胞”、“免疫學”、“腫瘤”、“老年病”和“中醫”五大領域開展轉化醫學研究。尤其是在“干細胞/再生醫學”領域獲得國家973和重大專項多項資助，建有“國家（華東）干細胞庫”和“中美干細胞研究中心”，并獲批國家“干細胞與再生醫學國際聯合研究中心”。近年來同濟醫學院每年新增國家自然科學基金項目140余項，各類科研經費近2億，先后承擔國家“973”（含重大科學研究計劃）項目6項，國際頂級學術期刊發表多篇重要學術論文，其中《Nature》、《Science》及其系列專刊8篇，獲得了包括國家自然科學二等獎、國家科技進步二等獎、教育部自然科學一等獎、上海市自然科學一等獎、上海市科學技術進步一等獎、中華醫學科技成果一等獎等在內的一批科研成果。

醫學院建立了以“5+3”卓越醫師培養為主體、以拔尖創新醫學人才培養為突破的臨床醫學專業人才培養體系，同時強化康復治療特色學科建設。秉承精英化醫學教育的理念，充分利用同濟大學學科門類齊全、理工文法實力雄厚的特點，突出臨床實踐技能和人文服務精神的教學特色，強化“知識、能力、人格”全面發展，注重崇高職業素養、寬厚基礎知識和扎實專業技能的培養。強化“以學生為中心”的工作理念，重視大學生創新實踐活動，多次榮獲國家、市、校級優秀項目表彰。同時利用長期對外合作辦學的優勢，與海內外多所著名的醫學院校簽訂長期合作交流協議，吸引、選拔大批優秀學生開展校際交流，努力培養具有社會責任感、自主學習能力、創新能力和國際競爭力的醫學專業人才。