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管理科學與工程系成立于1984年，其前身是信息管理與科學系，后經學科調整，將信息管理與信息系統、物流管理、管理科學、工業工程等多個優勢學科整合而成，具有歷史悠久、綜合實力強、發展后勁足的鮮明特點。

管理科學與工程系師資力量雄厚。全系共有教師36人，其中教授及博導14人，副教授8人，32人為博士學位獲得者，多位教師具有海外留學或訪問研究背景。3人入選教育部新世紀優秀人才計劃；全國百篇優秀博士論文獲得者1人；先后引進海外客座教授6人。

歷經30多年風雨，管理科學與工程系已經形成博士后流動站、博士、碩士、本科等多種層次的教學與科研體制。所在一級學科“管理科學與工程”也入選上海市重點學科。管理科學與工程系下設物流管理專業、信息管理與信息系統兩個專業。其中信息管理與信息系統專業創辦于1984年，是國內最早成立該專業的高校之一。物流管理專業創辦于2004年，是國內第一批成立該專業的高校。這兩個專業目前在國內排名均居前列，教師除承擔以上兩個本科專業的教學任務以外，還承擔管理科學與工程一級學科下博士生與碩士生以及MBA、EMPA、MPA和工程碩士的教學與研究生指導工作。