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生態學是研究生物與環境相互作用格局與過程的基礎科學，也是具有強大社會服務功能的應用性學科。本學位授權點結合生物多樣性與全球環境變化兩大核心領域，從滿足國家重大需求出發，在原有學科基礎與科研優勢的基礎上，設有五個相關學科方向。通過生態學與進化生物學的融合，轉化生態學的強化，已有優勢方向上的突破和新方向的培育，在生物多樣性保護與保護生物學、生態系統生態學、全球變化生態學、進化生態學和恢復生態學等方面，培養能獨立探索當代生態學重大科學問題，開展促進環境可持續性、服務于社會研究與應用的生態學高級專門人才。

全球氣候變化、生境破壞以及生物技術產品的廣泛應用，使生物多樣性的持續利用面臨前所未有的挑戰。生物多樣性與保護生態學方向將運用進化生物學、生物地理學、進化生態學和種群生態學等相關理論與方法，系統研究作物及其野生近緣種、野生魚類和中藥材資源的生物多樣性維持和喪失機理。

生態系統生態學方向依托復旦大學長江河口濕地生態系統野外定位研究站，以生態系統結構與功能、濕地生態系統食物網、土壤生態過程、土壤微生物群落與功能為主線展開系統深入的研究，探討土壤生態過程作為生態系統結構和功能演變先導過程和核心驅動力的機制。

全球變化生態學方向將結合野外定點觀測、室內控制實驗、尺度轉換、數據融合與模型分析等方法與演劇手段，系統地研究濕地生態系統碳循環特征、生物入侵對生態系統結構和功能以及環境變化對生物多樣性格局的影響、溫室氣體排放與生態系統碳/氮循環、全球氣候變化與生態系統的相互作用與機制等當代重大生態學問題。

進化生態學方向以植物種群的分化式樣、分化機制以及適應性進化過程為主線，探討青藏高原隆起所導致的地質和氣候變化對植物種群遺傳結構、適應特性、譜系地理格局以及物種形成過程的影響；運用基因組學、表觀遺傳組學和代謝組學方法深入探討植物微觀進化和適應性分化的分子機理和遺傳機制，研究在不同脅迫條件下植物的生態-發育過程和對環境條件的響應特點和機理。

濕地對維持全球生物多樣性起著關鍵作用，是人類社會可持續發展的重要基礎之一。恢復生態學方向將采用物理學、水文學、生態學、生物學等綜合方法，系統研究濕地生態系統的維持機制、受損過程及恢復途徑，為濕地生態系統的修復提供理論與技術支撐。